バクテリアとは細菌のことで、ウイルスと違って光学顕微鏡で見ることができます。従ってその分類はグラム染色による染色性とその形態によって分類されます。グラム染色により紫色に染まるグラム陽性菌と、赤色に染まるグラム陰性菌に分類され、次にその形態が球形か棒状かによって球菌と桿菌に分類されます。細菌は地球上のあらゆる環境に存在しており、光合成や窒素固定、有機物の分解過程などの物質循環において非常に重要な役割を果たしている。ウイルスはヒトやそのほかの動物に対して病気の原因となるものが多いのに対し、細菌も一部のものは病原細菌として感染症の原因となるが、人間の日常生活において欠かすことのできないものである。食品関係においてはチーズ、納豆、ヨーグルトといった発酵過程においては微生物学発展以前から用いられており、腸内細菌群は食物の消化過程では欠かすことのできないものである。
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